申请国家自主创新产品的程序：凡在中国境内具有中国法人资格的企业、事业单位均可申请认定，但需要经过四个步骤：
一是申请单位首先向各省、自治区、直辖市、计划单列市科技厅(委、局)提出申请；
二是科技厅(委、局)会同本级经(贸)委(发展改革委)、财政厅(局)对本地区的申报产品进行汇总和初步审查，并组织专家评审。对符合条件的产品择优向科技部推荐；
三是国家统一认定，科技部会同国家发展改革委、财政部委托相关机构，在国家层面上，按照统一的认定条件开展产品的认定评价工作。科技部对认定评价结果进行审定，形成《国家自主创新产品目录》初步意见，并向社会公示。公示无异议的，科技部会同国家发展改革委、财政部形成正式《国家自主创新产品目录》，颁发国家自主创新产品认定证书；
四是发布产品目录。科技部在其官方网站和科技日报上向社会公布《国家自主创新产品目录》。
摘自《国家自主创新产品认定管理办法(试行)》（国科发计字[2006]539号）